然而，库克远征队还有另外一个远非良性的影响。库克除了是经验老道的水手和地理学家，也是海军军官。虽然远征的绝大部分经费来自英国皇家学会资助，但船舶本身是由皇家海军提供。海军调派 85 位装备精良的水手和士兵同行，船上也配备大炮、步枪、火药等武器。毕竟，远征取得的大部分资料（尤其是天文、地理、气象和人类学资料）都具有明显的政治和军事价值。
　　有了坏血病的疗法之后，英国便能派出海军，前往地球最远的另一端，对全球各大洋的控制力也随之大增。对于库克远征队「发现」的许多岛屿，库克都声称从此归英国所有，其中最重要的就是澳洲。库克这趟远征，奠定了英国占领西南太平洋的基础：征服了澳洲、塔斯马尼亚和纽西兰，让数百万的欧洲人殖民到新的土地；但也造成当地许多文化灭绝，原住民几近灭种。
　　在库克远征后的一世纪间，澳洲和纽西兰最肥沃的土地都被欧洲移民掠夺强占。原住民不仅人数锐减 90%，幸存者也严重受到种族歧视迫害。对于澳洲原住民和纽西兰毛利人来说，库克远征队带来的是几近毁天灭地的灾难，至今尚未复原。
　　而在塔斯马尼亚岛上的原住民，遭遇甚至更加悲惨。他们原本遗世独立，生存繁衍长达上万年，但在库克抵达后短短一世纪间，就惨遭灭族，男女老幼无一幸免。欧洲殖民者起初只看上岛上最肥沃富裕的地点，接著就连荒野之地也不肯放过，有组织有计划的杀害所有原住民。最后仅存的少数幸存者被赶到一个新教的集中营，传教士一片好意（但心胸并不特别开阔），循循善诱，希望灌输他们关于现代世界的生活方式。他们要塔斯马尼亚人信仰基督，学习阅读、写作，以及各种「有用的技能」，像是缝补衣物和耕作。但是塔斯马尼亚人拒绝学习，甚至变得愈来愈忧郁，不再愿意生育后代，对生命完全放弃希望，最后终于踏上一条唯一能逃离这个「科学与进步」之现代社会的退路：死亡。
　　令人不胜唏嘘的是，就算死后，「科学与进步」并未就此放过他们。最后几个塔斯马尼亚人的遗体，被人类学家和博物馆长以科学之名取走，进行解剖，测量长度和重量，再分析发表成所谓的科学论文。接著，他们的头骨和骨架再被陈列在博物馆里，成了人类学的收藏品。一直到 1976 年，塔斯马尼亚博物馆才终于愿意松手，让楚格尼尼（Truganini，最后一位离世的纯种塔斯马尼亚人）的遗骨得以安葬，此时她已经去世了一百年之久。英国皇家外科医师学会更是拖到 2002 年，才归还她的皮肤和头发标本。
　　所以这样说来，库克的船队究竟是有武力保护的科学远征队？还是有几个科学家随行的武力远征军？这个问题就像是问车子的油箱该说是半满还是半空一样，其实两者皆是。科学革命与现代帝国主义的关系密不可分。对于像是库克船长和植物学家班克斯来说，科学和帝国根本就是一家。就连倒楣的楚格尼尼也分不出这两者的概念有何不同。